남궁영은 1962년 충청남도 부여군에서 태어나 대전고등학교, 서울대학교 농생물학과 학사, 대학원 행정학 석사과정을 졸업하였고, 1985년 제20회 기술고시에 합격해 공직에 입문하여 주로 행정안전부와 충남도청에서 근무하였다.
2016년 11월, 1급(고위공무원 가급, 관리관)으로 승진하여 충청남도 행정부지사로 충남도청에 파견되었으며, 2019년 2월 정부 산하기관인 한국자산관리공사의 상임이사로 취임하였다. 그리고, 2023년 3월 10일, 세종특별자치시청 산하의 인재평생교육진흥원장에 선임되었다.