남부원은 현재 아시아태평양지역 24개 국가Y연맹을 포괄하는 아시아태평양YMCA연맹의 사무총장으로 재직하고 있다. 2015년 11월 아태연맹 사무총장으로 부임하기 전 그는 한국YMCA전국연맹 사무총장으로 봉직하였다. 한국Y연맹 사무총장으로 재직시 시민사회운동에 깊이 참여하였는데, 시민사회연대회의 공동대표, 국제개발민간단체협의회 부회장, 공정무역단체협의회 초대 이사장, 시민평화포럼 대표 등을 역임하였다. 아태Y연맹에서 그의 주요활동영역은 기후변화, 청(소)년 역량강화, 젠더정의, 정의와 평화를 위한 종교간 협력포럼 등이다. 그는 또 현재 한국, 일본, 중국, 대만, 홍콩을 포괄하는 동북아그린피스의 의장을 맡고 있으며, 독일 에큐메니컬 기금단체인 ‘세계를 위한 빵’(BftW)의 글로벌 자문그룹의 일원으로 활동하고 있다. 연세대학교에서 정치외교학을 공부하였고, 영국 버밍험대학교에서 지구윤리학 석사과정을 마쳤다.