진창수는 1986년 서강대학교 정치외교학과를 졸업하여 1988년 8월 동대학원에서 정치외교학 석사를 취득한 후 1989년 10월 동경대학 국제관계론전공 연구생으로 입학하여, 1990년 4월 동대학원 박사과정에 입학, 1994년 10월 정치학 박사학위를 취득하였다. 1996년 7월 세종연구소 수석연구위원, 동경대학 사회과학연구소 객원연구원(2001.8.-2002.2.), 교토대학 법학부 초빙학자(2002.3.-2002.7.), 한국정치학회 이사, 국제정치학회 이사, 현대일본학회 이사, 대통령 외교자문위원(2004.2.-2007.12), 세종연구소 부소장(2007.2.-2009.6.), SAIS, Johns Hopkins University, 방문학자(2010.10.-2011.7.), 홋카이도대학 공공정책대학원 특임교수(2011.8.-2012.3.), 세종연구소 일본연구센터장(2002.7.- 현재), 세종연구소 소장(2015 - 2018) 등 활발한 활동을 하고 있다.