베르너 페히니 교수는 성장과정에서 통일 전 서 베를린, 동 베를린 양 지역에서 모두 거주한 경험이 있다. 베를린 자유대학교에서 정치학 및 현대 사학을 전공했으며, 정치학 박사학위를 수여 받았다. 1978년부터 1980년까지, 하버드 대학교에서 독일-케네디 기념 장학생으로 수학했으며, 1989년부터 1992년까지는 필리핀 독일 재단 이사를 지내며 필리핀 대학에서 학생들을 가르치기도 했다. 또한, 수 년 동안, 베를린 자유대학 정치학과 동아시아 및 동남아시아 정치학 센터장을 역임한 바 있다. 은퇴 이후에도, 특히 독일, 중국, 대만, 한국 및 키프로스와 같은 국가에 중점을 두고 분단국가의 정상화문제에 대한 비교 접근법 연구를 이어오고 있다.