문정인 교수는 아시아태평양 리더십 네트워크(APLN) 핵 비확산 및 군축 분야의 공동 의장이다. 연세대학교 명예특임교수로 재직 중이며, 대한민국 대통령 통일외교안보특보이자 영어 계간지 "Global Asia"의 편집장, 그리고 샌디에이고 캘리포니아 대학교(UCSD) 글로벌 정책 및 전략대학원의 크라우즈 석좌 펠로우이다. 2018년에는 영국 바스대학교 글로벌 석좌교수로 활동했다.
그는 단독 저서, 공저서, 편저서를 포함해 총 56권의 책을 출간했으며, World Politics, International Studies Quarterly, World Development과 같은 학술지와 편저서에 300편 이상의 논문을 발표했다. 그는 우드로윌슨 국제센터의 공공정책학자였으며, 베이징대학교의 리셴 학자와 UCSD 국제관계 및 태평양연구대학원의 태평양 리더십 펠로우로 활동했다. 그는 김대중 대통령 기념도서관 및 박물관의 초대 관장이었다. 그는 노무현 정부에서 내각급 직책인 동북아시대위원회 위원장을 역임했으며, 외교통상부 국제안보대사를 지냈다. 그는 2000년과 2007년 남북정상회담에 대통령 특별 수행원으로 참석했다. 그는 북미 국제학회(ISA) 부회장을 지냈으며, 한국평화학회 회장을 역임했다.